Pilar kedua adalah logika, yang berkaitan dengan pengembangan kemampuan berpikir kritis dan pemahaman ilmu pengetahuan. Proses pembelajaran tidak hanya berfokus pada hafalan materi, melainkan pada pemahaman konsep secara mendalam. Siswa diajak untuk mengamati, bertanya, dan menemukan sendiri jawaban melalui berbagai kegiatan eksplorasi. Lingkungan alam dimanfaatkan sebagai media belajar sehingga siswa dapat memahami konsep sains, matematika, maupun bidang lainnya secara kontekstual. Dengan demikian, siswa tidak hanya memperoleh pengetahuan, tetapi juga kemampuan untuk menganalisis dan memecahkan masalah secara mandiri.